一、青年時期
6. 亞西西的戰爭
亞西西城不但充滿舞蹈和戲劇，戰爭場面也不斷地上演。
1). Rocca被毀、亞西西修建城牆
方濟十六歲時（1198）該地所發生的戰爭，成為一個特別血腥嚴肅的經驗。當時Konrad of Lutzen代表德國皇帝治理亞西西城，在長期對抗教宗伊諾森三世的挑戰之後，終於戰敗而屈服，將統治全城的基地「大堡壘」（Rocca）交給教宗。然而，亞西西的居民卻利用了短暫的交接而出現的管理真空時期，衝入大堡壘並將之拆毀。他們利用那些石頭修建了城牆，成為保護城市獨立性的堅強防衛。對方濟而言，這是學習重手粗活的絕佳機會，他後來整修聖堂時，正需要這些工作技巧。
2). 城市革命
方濟十七歲時（1199）也無法避免地捲入發生已久的城市革命，亞西西城中下層平民（Minores）將上層社會王公貴族（Majores）驅逐出城，並放火燒毀他們的房屋家產。
3). 方濟坐監
被驅逐的上層社會人士逃往貝露琪亞（Perugia）城，此城原與亞西西為敵，現在亞西西城的貴族們卻企圖依靠他們的協助，再次翻轉亞西西城的命運，因而兩城之間再次掀起戰爭。
方濟二十歲時（1202），在Collestrada發生浴血戰役，他雖然僥倖存活，卻被逮捕而淪為俘虜。一年之久，方濟被囚禁在黑暗的地牢裡，患病並且對生命充滿徬徨疑惑，直到他的父親以高價將他贖回。
